中科院知识创新工程重要方向项目
 

生物信息处理专用计算机研究与开发

课题负责人:徐志伟
起止时间:2002年10月—2004年10月

  生物信息数据的海量特性使得生物信息学越来越依赖于高性能计算,很多典型问题,比如百万量级DNA片段的拼接、百万量级长度的两个全基因组的比对,现有的通用高性能计算机系统在时间限定条件下无法完成。

  从高性能计算机的发展趋势看,从二十世纪八十年代至今,高性能计算机的发展经历了从MPP到Cluster的变化,计算机的计算能力、扩展能力也的到了巨大的提高,随之而来的是计算机的体积和能耗也迅速增加,高密度计算正是为了解决这两个方面的问题应运而生的。刀片式计算机(或服务器)就是一种典型的高密度计算机,其体系结构方面还是一台Cluster,但从外观上看却更像一台传统的MPP。另外,与应用相结合、研究应用级专用处理系统是目前系统研究的重要方向。

  本项目的总目标是研究并开发生物信息处理专用计算机系统。具体包括如下研究内容:

  • 针对生物计算的特点设计特殊的体系结构和并行算法,
  • 研究序列联配等算法的硬件实现技术,
  • 研究专用数据处理硬件系统的设计技术
   
     

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