新闻 NEWS  
     

院重大项目"生物信息专用计算机及算法研究"

于2004年3月31日通过中期考评



  
  2004年3月31日上午, 院方向性重大项目"生物信息专用计算机及算法研究"在我所350会议室进行中期考评。 此项目是由华大基因中心和计算所联合承担的交叉领域课题, 目标是研制出一台能够适应生物信息计算特定需求的专用计算机(曙光4000H, 速度40000亿次),体现出可重构计算的特色。

  计算所方面由徐志伟老师总体负责,生物信息组负责算法设计,国家智能中心分别负责可重构FPGA设计和参与生物信息组的部分算法设计。 经过一年的努力, 项目组成功地开发了ICT-Blast软件包, 不仅速度比经典的NCBI-Blast至少快2-3倍, 同时有效地解决了NCBI-Blast内存消耗过大的问题;项目组还创造性地设计出Needleman-Wunsch, Smith-Waterman, RNA二级结构预测算法的硬件实现方案。 模拟器实验结果表明: 采用2048个PE组成的阵列(200MHz)的FPGA, 速度比2.4G的PIV快2-3个数量级。

  华大基因中心于军教授(Scitific American 2003全球科研领袖)汇报了华大在水稻基因组,家蚕基因组方面的成绩, 以及我所生物信息课题组和生物物理所陈润生老师课题组合作的进展,包括蛋白质相互网络,蛋白质质谱分析, ncRNA预测与功能方面的研究成果。

  经过3个小时的汇报与答辩, 以金怡濂院士/沈岩院士(人类基因组北方中心)为主席的专家组对项目组的工作表示满意, 建议项目组加强合作, 充分利用交叉领域的机遇,做出更好的成绩。


   
    返回

Copyright for NCIC All Rights Reserved
本网站版权归国家智能计算机研究开发中心所有