张佩珩
职称:

正研级高工,硕导

联系方式:
邮箱:zph@ncic.ac.cn
简历:

张佩珩,男,汉族,中国科学院计算技术研究所计算机系统结构部总工、正研级高级工程师、硕士生导师,国务院特殊津贴专家。

现主要从事高性能计算机系统相关研究工作,研究方向包括大规模并行计算机系统结构、可重构计算技术、生物信息学算法加速、生命健康大数据智能分析等。

1996年以来,参加过多项国家863项目、973项目和中科院知识创新工程的重大项目,是“曙光2000”至“曙光6000”系列高性能计算机系统的主要研究者之一,先后获得了多项国家和科学院系统奖励,包括:2000年度中科院院科技进步一等奖、2001年度国家科技进步二等奖、2004年度国家科技进步二等奖、2005年中国科学院第二届杰出成就奖、2007年国家科技进步二等奖、2013年国家科技进步二等奖等多项奖励。

研究方向:
计算机体系结构、可重构计算、逻辑设计
获奖及荣誉:

2007年2月获“国家科学技术进步二等奖”(第3名),获奖项目:曙光4000系列高性能计算机

2006年3月获得“中国科学院第二届杰出成就奖”(第3名),获奖项目:曙光4000系列高性能计算机研究

2005年12月获得“第一届浪潮高性能计算创新奖”二等奖(第2名),获奖项目:大规模机群管理系统

2004年1月获“国家科学技术进步二等奖”(第8名),获奖项目:曙光3000和可扩展并行计算机系统

2001年12月获“国家科学技术进步二等奖”(第10名),获奖项目:曙光2000超级服务器系统

2000年12月获“中国科学院科技进步一等奖”(第10名),获奖项目:曙光2000超级服务器系统

代表论著:


1.      Zhang, P., Bu, D., XiongJin, & Tan, G. (2016). Deep sequencing big data oriented computing model and architecture research. Science & Technology Innovation Herald.

2.      Tan, G., Zhang, C., Wang, W., & Zhang, P. (2015). Superdragon. Acm Transactions on Reconfigurable Technology & Systems, 8(4), 1-22.

3.      Tan, G., Zhang, C., Wang, W., & Zhang, P. (2015). Superdragon:a heterogeneous parallel system for accelerating 3d reconstruction of cryo-electron microscopy images. Acm Transactions on Reconfigurable Technology & Systems, 8(4), 1-22.

4.      汤文, 张春明, 谭光明, 张佩珩, & 孙凝晖. (2014). 基于定制协处理器的基因重测序加速技术研究. 计算机研究与发展, 51(9), 1980-1992.

5.      Tang, W., Wang, W., Duan, B., Zhang, C., Tan, G., & Zhang, P., et al. (2012). Accelerating Millions of Short Reads Mapping on a Heterogeneous Architecture with FPGA Accelerator. IEEE, International Symposium on Field-Programmable Custom Computing Machines (Vol.282, pp.184-187). IEEE Computer Society.

6.      Wang, W., Duan, B., Tang, W., Zhang, C., Tang, G., & Zhang, P., et al. (2012). A coarse-grained stream architecture for cryo-electron microscopy images 3D reconstruction. Acm/sigda, International Symposium on Field Programmable Gate Arrays, FPGA 2012, Monterey, California, Usa, February (pp.143-152). DBLP.

7.      Wang, W., Tang, W., Li, L., Tan, G., Zhang, P., & Sun, N. (2012). Investigating Memory Optimization of Hash-index for Next Generation Sequencing on Multi-core Architecture. Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops & Phd Forum (Vol.18, pp.665-674). IEEE.

8.      Li, L., Li, X., Tan, G., Chen, M., & Zhang, P. (2011). Experience of parallelizing cryo-EM 3D reconstruction on a CPU-GPU heterogeneous system. ACM International Symposium on High PERFORMANCE Distributed Computing, HPDC 2011, San Jose, Ca, Usa, June (pp.195-204). DBLP.

9.      李兴建, 李临川, 谭光明, & 张佩珩. (2011). 冷冻电镜三维重构在cpu-gpu系统中的并行性. 华中科技大学学报:自然科学版, 39(z1), 115-119.

10.    Wang, W., Duan, B., Zhang, C., Zhang, P., & Sun, N. (2010). Accelerating 2D FFT with Non-Power-of-Two Problem Size on FPGA. International Conference on Reconfigurable Computing and Fpgas (pp.208-213). IEEE Computer Society.

11.    Wang, W., Zhang, P., & Liu, X. (2009). Short read dna fragment anchoring algorithm. BMC Bioinformatics, 10 Suppl 1(1), S17.

12.    Jiang, X., Liu, X., Xu, L., & Zhang, P. (2007). A reconfigurable accelerator for smith–waterman algorithm. Circuits & Systems II Express Briefs IEEE Transactions on, 54(12), 1077-1081.

13.    Zhang, P., Tan, G., & Gao, G. R. (2007). Implementation of the Smith-Waterman algorithm on a reconfigurable supercomputing platform. International Workshop on High-Performance Reconfigurable Computing Technology and Applications, Hprcta 2007,held in Conjunction with Sc07, Reno, Nevada, Usa, November (pp.39-48). DBLP.

14.    Jiang, X., Zhang, P., & Liu, X. (2007). Survey on index based homology search algorithms. The Journal of Supercomputing, 40(2), 185-212.

15.    张楠, 张佩珩, 刘新春, & 江先阳. (2006). 基于fpga的ddr sdram控制器设计与实现. 计算机工程与应用, 42(24), 87-90.

16.    吴冬冬, 杨晓君, & 张佩珩. (2006). 一种fpga的远程系统升级方法. 计算机工程与应用, 42(18), 86-88.

17.    江先阳, 刘新春, 张佩珩, 孙凝晖, & 徐志伟. (2006). 计算密集型体系集成ddr sdram控制器设计. 计算机工程与科学, 28(3), 96-97.

18.    Lin, X., Zhang, P., Bu, D., & Feng, S. (2005). To accelerate multiple sequence alignment using FPGAs. Eighth International Conference on High-Performance Computing in Asia-Pacific Region (pp.5 pp.-180). IEEE.

19.    Liu Xinchun, Zhang Peiheng, & SUN Ninghui. (2005). The architecture of a specific chip for RNA secondary structure prediction. Journal of Electronics (China), 22(3), 281-287.

20.    高文学, 刘涛, 张佩珩, & 孙凝晖. (2005). 总线式通用串行总线复用器. 科学观察(4), 39-39.

21.    罗海勇, 朱珍民, 郭俊波, 王非, 崔凤江, & 张佩珩等. (2005). 龙芯-1号cpu的网络计算机硬件系统设计及实现. 计算机工程, 31(14), 57-58.

22.    杨晓君, 张佩珩, 苗彦超, 孙凝晖, & 郭黎利. (2005). 系统域网络适配器设计. 计算机研究与发展, 42(6), 958-964.

23.    Yang, X., Zhang, P., Miao, Y., Sun, N., & Guo, L. (2005). Design of system area network adapter. Journal of Computer Research & Development, 42(6), 958-964.

24.    Lin, X., Zhang, P., Bu, D., & Feng, S. (2005). To accelerate multiple sequence alignment using FPGAs. Eighth International Conference on High-Performance Computing in Asia-Pacific Region (pp.5 pp.-180). IEEE.

25.    张佩珩, 刘新春, & 江先阳. (2005). 一种面向生物信息学的可重构加速卡的设计与实现. 计算机研究与发展, 42(6), 930-937.

26.    Yang, X., Guo, L., Zhang, P., & Sun, N. (2004). Design of System Area Network Interface Card Based on Intel IOP310. Embedded Software and Systems. Springer Berlin Heidelberg.

27.    安学军, 张佩珩, 高文学, & 吴冬冬. (2003). 基于ux8交换芯片的机群互连网络设计. 微电子学与计算机, 20(7), 43-47.

28.    张佩珩, 安学军, & 高文学. (2003). 面向机群互连网络的智能网卡设计. 计算机工程与应用, 39(28), 148-150.



承担科研项目情况:

1.    2016年7月~202012月:中科院战略性先导科技专项(B类)—大规模光子集成芯片,任“项目五:大规模光子集成芯片验证系统”项目负责人

2.    2012年1月~201612月:国家973项目—“基于新一代测序的生物信息学理论与方法”,任“面向新一代测序大数据量的计算模型与体系结构研究”课题负责人。

3.    2012年1月~201412月:中科院科技创新交叉与合作团队—“生物信息学与高性能计算”,任团队负责人。

4.    2011年1月~201412月:中科院计算技术研究所创新项目—“云计算服务器关键技术研究”,任项目负责人。

5.    2008年10月~20121月:国家863重大项目“曙光6000千万亿次高效能计算机系统”,负责总体项目管理,并具体负责硬件系统总体设计。

6.    2007年12月~20125月:中科院重大项目“面向蛋白质科学的高性能计算研究”,负责总体项目管理,并具体负责硬件系统总体设计、算法可重构逻辑设计。

7.    2006年12月~200812月:国家863重大项目“曙光5000A高效能计算机系统,负责总体项目管理。

8.    2005年12月~2007年6月:XtremeData Inc. & University of Delaware合作研究项目—“可重构协处理器技术”,负责可重构算法加速研究。

9.    2002年10月~20059月:中科院重要方向性项目“曙光4000H大规模生物信息处理专用机系统”,负责硬件系统总体设计、算法可重构逻辑设计。

10.  2002年10月~20046月:国家863重大专项“曙光4000A高性能计算机系统”,负责硬件系统设计、高速通信网络设计、机群管理系统设计。