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曙光高性能服务器为战胜非典提供无偿服务

2003.5.12


曙光4000L系统简介
曙光4000L快速使用手册
曙光3000系统简介
曙光3000快速使用手册

  

  在非典肆虐的今天,许许多多的医疗工作者奋战在一线,做出了巨大的牺牲。我国高科技领军机构中国科学院也号召每一个高技术研究所在此时此刻,为战胜非典助一臂之力。 5月12日,中科院计算所国家高性能计算中心将无偿为非典病毒研究机构等相关单位提供高性能运算服务和相应的存储空间、生物信息通用软件计算服务,以及相应的配套技术支撑。用以协助医药、防疫等研究单位更好地开展科研工作,早日战胜非典。

详情请咨询:冯圣中
Email: fsz@ncic.ac.cn
电 话:010-62565533转5730

曙光4000L简介

  曙光4000L是由国家智能计算机研究开发中心研制的大规模可扩展面向数据密集型应用的超级服务器系统。系统节点数为322节点,可扩展到640节点。节点采用 Intel Xeon微处理器,节点间通过100/1000Mbps高速以太网和高速系统互连。曙光4000L每个节点都具有自己的微处理器、内存、内置硬盘,通过PCI总线与外部互连。根据功能的不同,曙光4000L可以分为服务节点、计算节点和数据库节点三类。服务节点是用来提供系统服务的节点,它不参与计算任务和数据存储任务。服务节点用于用户的登录、系统信息的获取与归档、系统的管理与监控等。计算节点是用于进行科学计算和数据处理的节点,它具有较强的计算能力和网络通信能力,可以通过高速互连网络将后端的数据迅速倒入并进行处理。数据库节点是用于数据存储和查询的节点,每个数据库节点拥有一个外接的RAID,其容量为500GB(可扩展至1.5TB),并采用高可用技术在数据库节点间进行互备,任一数据库节点损坏后其上的应用及数据均可以迅速切换到另一节点上运行。

  系统具有四套互连网络,包括:定制的系统网络用于数据的高速通信;电信级千兆以太网用于系统软件之间的数据和控制的通信,提供热插拔支持及与外界的互连;百兆以太网用于系统管理,连接网络用户,支持用户的登录和使用;串口网络连接到控制终端上,通过专用硬件系统实现串口终端切换,在节点出现故障时用于诊断和恢复,同时还提供系统硬件信息的监控。

  系统具有硬件监控系统、控制终端、内置控制台、外置控制台和智能终端等用于系统的管理与监控。硬件监控系统通过专用硬件系统实时监控系统硬件的运转状况。它采用节点面板液晶屏显示、机柜组液晶屏显示二级控制方式将系统中各节点的硬件状况、机柜硬件状况以及环境状况实时表示出来,并能对故障提供实时报警。控制终端通过串口网将各个节点连接在一起,系统管理员可以通过热键在控制终端上切换所控制的节点,以进行管理操作。内置、外置控制台是独立的监控设备(KVM),内置控制台固定驳接至服务器节点上,用于系统管理员对系统的控制;外置控制台可以任意驳接到各节点,用于对系统节点的控制和维护。智能终端是用于管理系统的无盘工作站。它通过服务节点远程启动,根据系统管理员的身份(IC卡)提供相应的管理工具选单。智能终端无输出接口、需要身份认证,能够有效保证系统安全性。

  系统包括两台磁带库,以提供总容量超过4TB的数据备份系统。

  曙光4000L节点运行Linux操作系统,支持C、FORTRAN、JAVA等程序设计语言,支持Intel MKL库等高效数学和工程库。系统软件提供高效通信系统及并行计算环境(BCL/MPI/PVM/RMS)、机群操作系统(包括机群管理系统DCMS、机群部署系统DCIS、机群管理终端DMTERM)、高可用系统、智能文件浏览器(Spreader)、网格监控中心(GridView)、磁带库管理工具、网络监控系统等。

曙光4000L快速使用手册

  用户通过telnet登录到曙光4000L的登录节点(adb2),然后rsh到任何一个计算节点(cnode0..cnode79),就可以进行编辑、编译、提交作业运行了。
  每个计算节点2个2.4GHZ的Intel Xeon CPU,内存2GB。目前开放80个计算节点,视需要,还可以开放更多的计算节点。

  典型的用户使用流程如下:


曙光4000L使用
  为抗击非典,无偿提供曙光4000L计算资源。
  用户使用时,需要先登陆到主服务器,然后用rsh命令登陆到各个从结点进行计算任务。所有的系统管理都由主服务器完成。一般软件都安装在/cluster目录下。所有的生物软件都安装在/cluster/bioinfo目录下。目前提供的生物软件有:ParaBlast、phred、phrap、Crossmatch、genscan、RepeatMasker、clustalw、phd2fasta、EMBOSS 等。  

  用户可以通过两种方式使用曙光4000L。
  Blast 和 抗原决定簇分析服务,请通过Web方式访问:http://www.bioinfo.org.cn/serviceonline.htm;其他计算服务,请首先申请帐号,使用telnet方式登录 telnet://159.226.39.13
  用户注册请下载曙光计算资源使用申请表,填写后发至:fsz@ncic.ac.cn

曙光3000简介
  国家863计划的重大项目曙光3000超级服务器于2000年12月研制成功。这是继曙光1000和曙光2000之后我国高性能计算机领域中的又一重大成果。
  曙光3000是一种通用的超级并行计算机系统,是当时性能最高的国产超级服务器。它兼顾大规模科学计算、事务处理和网络信息服务。系统峰值浮点运算速度为每秒4032亿次,内存总容量为168GB,磁盘总容量为3.63TB。它具有先进的机群体系结构。由70台节点计算机组成,共280个处理机。系统提供三套连接网络,用做高速并行计算、文件传输、系统管理、接待用户请求。另外,还有两套串行网络,用于监控系统的各种状态。
  曙光3000具有丰富而完善的软件系统,包括高速通信子系统、系统管理子系统、远程管理子系统、硬件监控子系统、资源管理子系统、作业管理子系统、机群文件系统、单一登录点子系统;系统配置有标准的C、C++、Fortran和Java等主流编译器,支持串行程序、消息传递程序、SMP多线程程序、HPF数据并行程序、分布式共享虚存等多种编程模型;并行编程环境有PVM、MPI、HPF、OpenMP、串行程序自动并行化工具、并行调试器、并行程序监控工具和并行数学库函数;支持各种主流数据库;配有并行Web服务和大型Email服务系统,还有服务器聚集软件和负载平衡软件。曙光3000还有一大批行业应用软件。
  曙光3000实际运算速度高,内存容量大,功能强,实现了高性能和通用性的和谐统一。该系统有突出的技术特点,有很高的可扩展性、易用性、可管理性和高可用性,具有单一系统映象特征。曙光3000与国际主流技术接轨,广泛采用国际标准。该系统技术含量高,具有自主知识产权,其性能价格比远高于国际同类产品,因而市场竞争力强。
  曙光3000可在各种计算中心、网络中心、信息中心、清算中心、结算中心、计费中心、数据中心、处理中心、电子商务和交换中心,以及大专院校、科研院所、大中型企业和政府机关做主服务器;还可广泛应用于石油、气象、水利水电、航空航天及汽车轮船设计模拟、地震监测预报、环境监测分析、金融证券、生物信息处理、网络信息服务和基础科学计算等行业领域。
  曙光3000作为华大基因中心的主要计算平台,用于基因测序和蛋白质计算,为促进新世纪我国生物高科技产业做贡献。

曙光3000快速使用手册
  使用流程同曙光4000L。

部分软件说明

  • ParaBlast: 中科院计算所生物信息组开发的并行BLAST。使用方法与NCBI BLAST使用方法相同,它可以在多个计算节点同时进行比对,大大提高了比对速度。
  • Phred:转换测序结果
  • Phrap:国际上最流行的序列拼接软件。
  • Crossmatch:主要利用Swat"来实现序列的比较,并可以用来屏蔽序列中Vector实现了多个子序列的装配(Assembling程序中的序列比对部分。
  • Genscan:基因预测软件,它根据基因的整体结构进行基因预测,不依赖于已有的蛋白库,是一种"从头预测"软件。
  • RepeatMasker:序列过滤软件
  • Clustalw: 目前使用最广泛的多序列比对程序,,将多个序列两两进行比对
  • phd2fasta: 把phred或phrap的计算结果转换成fasta格式。
  • EMBOSS: emboss包括了大量蛋白质和核酸的分析工具,包括翻译、蛋白质结构域搜索、获取序列、比对、引物设计、限制性酶切谱分析等多种功能,它包含100多个序列分析的软件,可以进行全面、综合的序列分析。
   
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